In der Juniorenabteilung spielen in der aktuellen Saison 14 Mannschaften für den FC Nottwil.
In der Saison 2022/23 ist der FC Nottwil mit einer Mannschaften bei den Junioren B vertreten. Bei den C- und D-Junioren wird mit je zwei Teams und bei den E-Junioren mit drei Teams am Meisterschaftsbetrieb teilgenommen.
Die sechs F-Junioren-Teams bestreiten keine Meisterschaft, sie nehmen dafür an mehreren Turnieren teil. Diese Turniere finden an mehreren Samstagen/Sonntagen pro Saison statt und werden von den Vereinen organisiert.