In der Juniorenabteilung spielen in der aktuellen Saison 11 Mannschaften für den FC Nottwil.

In der Saison 2020/21 ist der FC Nottwil mit einer Mannschaften bei den Junioren B vertreten. Bei den C-, D- und E-Junioren wird mit je zwei Teams am Meisterschaftsbetrieb teilgenommen.

Die vier F-Junioren-Teams bestreiten keine Meisterschaft, sie nehmen dafür an mehreren Turnieren teil. Diese Turniere finden an mehreren Samstagen/Sonntagen pro Saison statt und werden von den Vereinen organisiert.