In der Juniorenabteilung spielen in der aktuellen Saison 12 Mannschaften für den FC Nottwil.

In der Saison 2018/19 ist der FC Nottwil mit je einer Mannschaften bei den Junioren B und Junioren C vertreten. Bei den D-Junioren wird mit drei Teams und bei E-Junioren mit vier Teams am Meisterschaftsbetrieb teilgenommen.

Die drei F-Junioren-Teams bestreiten keine Meisterschaft, sie nehmen dafür an mehreren Turnieren teil. Diese Turniere finden an mehreren Samstagen/Sonntagen pro Saison statt und werden von den Vereinen organisiert.

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