In der Juniorenabteilung spielen in der aktuellen Saison 13 Mannschaften für den FC Nottwil.
In der Saison 2025/26 ist der FC Nottwil mit je einer Mannschaft bei den Junioren B und C vertreten. Bei den D Junioren wird mit vier Teams am Meisterschaftsbetrieb teilgenommen.
Die E und F-Junioren-Teams bestreiten keine Meisterschaft, sie nehmen dafür an mehreren BRACK.CH play more football Turnieren teil. Diese Turniere finden an mehreren Samstagen/Sonntagen pro Saison statt und werden von den Vereinen organisiert.